El 5 de octubre de 2017, hombres que presuntamente se identificaron como policías ministeriales, entraron al domicilio del periodista y por la fuerza lo sacaron de su habitación en presencia de su familia, incluso después regresaron por sus teléfonos. Fue localizado al día siguiente en el aeropuerto internacional sin vida a causa de disparos, semidesnudo, con las manos atadas y con huellas de tortura. Se difundió un video donde es obligado a declarar contra otras personas antes de morir.

La esposa del fotoperiodista declaró que el grupo de hombres, armados con pistolas y al menos un rifle automático, rompieron la ventana de la puerta principal de la casa e irrumpieron en la habitación donde ella y su esposo dormían. Luego, los atacantes recolectaron los teléfonos celulares de la pareja y se llevaron a Esqueda Castro a punta de pistola. 

El periodista había denunciado ante la Comisión Estatal de Derechos Humanos que en dos ocasiones policías ministeriales del estado lo habían amenazado cuando ejercía sus funciones periodísticas. El 4 julio de 2017, el fotoperiodista sufrió amenazas y golpes de presuntos policías ministeriales que lo obligaron a borrar las fotografías que acababa de tomar de una balacera; el 13 del mismo mes, en otro evento, agentes de la PME le exigieron sus credenciales de identidad, las fotografiaron y le dijeron que lo estarían vigilando y también su domicilio, porque sospechaban que con sus notas proporcionaba información a la delincuencia. 

En junio, cuando cubría la escena de un crimen, la policía le quitó su cámara y le obligó a suprimir las imágenes. Tras ello, Edgar presentó una denuncia ante la Comisión Estatal de Derechos Humanos en San Luis Potosí. El Mecanismo Nacional de Protección le denegó la protección. Además de otras denuncias ante la procuraduría de justicia de amenazas.

El titular de la vicefiscalia del Estado, Aaron Edmundo Castro Sánchez, informó en el 2019 que del secuestro y asesinato del fotoperiodista Edgar Daniel ya se contaba con una línea de investigación muy fuerte y consolidada. También señaló que se han descartado otras líneas de investigación muy avanzadas, porque se señaló a dos personas que fallecieron poco después del asesinato, y se presume que la ejecución estuvo relacionada también con el caso de Daniel, sin embargo, de esas ejecuciones ya se tienen detenidos. 

La Comisión Ejecutiva Estatal de Atención a Víctimas del Delito (CEEAV) otorgó ayuda, acompañamiento y protección a la familia del fotoperiodista asesinado, Édgar Daniel Esqueda Castro. El presidente de la Ceeav, Jorge Vega Arroyo, explicó que personal de primer contacto de la Comisión visitó a la familia, después del lamentable hecho, y les otorgó ayuda con los servicios funerarios, asesoría jurídica, atención psicológica y acompañamiento en todo momento.

Una semana después de su muerte apareció en redes sociales un video en el que supuestamente confesó haber formado parte de una organización delictiva. Nunca se aclaró la procedencia ni la autenticidad de las declaraciones que Edgar Daniel hizo bajo evidentes signos de tortura.

Daniel Esqueda pertenecía también a una brigada de rescate urbano en la que participó durante varios días de labores de rescate en el edificio de Álvaro Obregón 286 de la Ciudad de México que colapsó derivado del terremoto de 2017 y donde logró salvar una vida.